Az első ismert írásos emlékek szerint 1180-ban már létezett, hivatalosan mégis csak 1317-ben megalapított portugál haditengerészet a XVI-XVIII század között tekintélyes erőt képviselt.

1520-ban I. Manuel király három állandó és egy alkalmi flottára tagolta, létrehozva a Parti Flottát (a portugál partok védelmére), a Szigetek Flottáját (az Azori-szigetek térségéből kiindulva az atlanti-óceáni hajóforgalom biztosítására), a Szoros Flottát (a Gibraltári-szoroson át bonyolított forgalom védelmére) és az évente egyszer útnak indított Indiai Flottát (az indiai-óceáni portugál gyarmatokkal való kereskedelem céljára). Az első kettő és a negyedik flottát karakkok és galleonok, a harmadik flottát evezős egységeg, fusták és gályák alkották. A pontos létszámról nincsenek adatok, csupán egy-egy ütközet leírásából derül ki, hogy a Parti Flotta a XVI. században mintegy 30, a Szigetek Flottája 22, az Indiai Flotta pedig 13 karakkot számlált.

1580-1640 között az ország perszonálunióban állt Spanyolországgal, a Habsburgok jogara alatt (s 1588-ban 16 hajóval részt vett a Nagy Armada Anglia elleni akciójában).

A XVIII. század végére a flotta (a szállító- és hadihajók addig egységes típusának végleges szétválásával összefüggésben) átalakult. Az európai flottákat 57 hajó (13 sorhajó, 16 fregatt, 3 korvett, 17 brigg és 8 egyéb szállító- és kórházhajó) alkotta, amelyek alkalmi harci kötelékekbe szervezve látták el a feldataikat, az Indiai Flottába pedig 7 hajó (1 sorhajó és 6 fregatt) tartozott.

1807-ben a Napóleon seregei elől menekülő királyi udvar a flotta egy részével (8 sorhajó, 5 fregatt és összesen 5 egyéb kisebb hajó) az ország brazíliai gyarmatára hajózott, ahonnan csak 1821-ben tértek vissza Európába. VI. János király fia, Péter, azonban régensként Brazíliában maradt, s 1822-ben kikiáltotta az ország függetlenségét, amelyet Portugália 1825-ben ismert el. Az 1822-ben épp Brazíliában tartózkodó portugál hadihajókkal megalakult a brazil hadiengerészet.

1826-1834 között – a VI. János halála utáni polgárháború évei alatt – tovább csökkent a hajóállomány, s Portugália tengeri hatalma végleg lehanyatlott. A költségvetés folyamatosan csökkent, mígnem az ország haditengerészete minden nyílt óceáni kapacitását elveszítette, s a portugál flotta nem volt több mint egy kicsiny, az anyaország és a gyarmatok partmenti zónájában őrjáratozó vízi rendőrség.

1880-ra (a gőzmaghajtás megjelenésével bekövetkezett újabb átalakulás után) a flottát 27 egység alkotta (1 páncélos korvett és 6 gőz-vitorlás korvett a nyílt tengeri-, valamint 13 gőz-vitorlás ágyúnaszád, 3 vitorlás iskolahajó és 4 ellátóhajó a partvédelmi és gyarmati szolgálatra). (A flotta első gőzhajója 1830-ban állt szolgálatba. Utolsó tisztán vitorlás sorhajója és fregattja 1841-ben, illetve 1845-ben, első páncélos hajója pedig 1876-ban épült). A flotta hajói ebben az időben – a Berlini Kongresszus után -–aktívan hozzájárultak Afrika teltérképezéséhez, stratégiájuk azonban csupán Lisszabon tengeri védelmére (és a szárazföldi alakulatokkal e célból való együttműködésre) korlátozódott.

1890-ben az angolai és mozambiki portugál gyarmatok között elterülő afrikai területek átadását, s az onnan történő portugál kivonulást követelő brit ultimátum nyomán világossá vált, hogy a portugál flotta alkalmatlan még az anyaország kikötőinek a védelmére is. Az e felismerés nyomán 1896-ban elfogadott sürgősségi flottaprogram 4 cirkáló építését irányozta elő (az ötödiket a meglévő páncélos korvett 1901-ben páncélos cirkálóvá történt átépítésével biztosították) és a tengeralattjárók alkalmazását állította a partvédelmi feladatok fókuszába (az első tengeralattjárót 1907-ben vásárolták). A haditengerészet ezután leginkább az angolai, mozambiki és guineai gyarmatok pacifikálására vezetett akciók támogatásában vett részt, elsősorban az afrikai folyókon bevethető ágyúnaszádok révén.

1910-ben fiatal tisztek által alapított Portugál Flotta Liga síkra szállt az elektromos árammal, drót nélküli távíróval, torpedókkal és modern tüzérséggel felszerelt, korszerű flotta megteremtéséért. A flotta ekkor 25 hajóból állt (6 cirkáló, 4 torpedós ágyúnaszád és torpedónaszád, 13 ágyúnaszád és egyéb kisebb egység, zömmel aknaszedők és aknarakók, valamint 2 tengeralattjáró). Az 1910. október 10-én a monarchia megdöntésével kikiáltott köztársaság ambíciózus tengerészeti programot fogadott el 3 dreadnought típusú csatahajó, 3 cirkáló, 12 romboló és 6 tengeralattjáró felépítéséről, amiből azonban – jellemzően forráshiány miatt – végül semmi sem lett (a brit hajógyárakban megrendelt dreadoughtokat végül Brazília számára építették fel).

A flotta ezután a teljes mellőzés és elhanyagoltság állapotába került. Háborús teljesítménye a partok és kikötők védelmére és aknaharcászatra (zömmel a tengeralattjárók által leginkább fenyegetett Zöld-foki szigetek körzetében), az afrikai hadszíntérre irányuló csapatszállításra és hajókíséretre korlátozódott. A háborúban való portugál részvétel elsősorban Nagy-Britannia számára volt fontos a nyugati frotnon történő katonai segítségnyújtás miatt. Ám az egymást követő portugál kornányválságok és felkelések miatt ez 1917-ig alapvető késedelmet szenvedett. A portugál haditengerészetet a világháború kitörésekor az alábbi 49 egység alkotta:

• 1914
• 1915
• 1916
• 1917
• 1918